本中心辦理農產品農藥殘留安全檢測，以維護食品衛生品質、提升農產品市場競爭力、保障農民及消費者權益，依據「食品安全衛生管理法」與本校組織規程第七條之規定，設置「國立中興大學農產品農藥殘留檢測中心」。

       本中心協助農政單位辦理農產品及加工品農藥殘留檢測業務，並可對外收件，協助社會各界有需人士進行農產品農藥殘留檢測業務。中心成立至今，已建立300餘種台灣登記農藥之多重分析檢測方法，成立以來並持續每年參與國內外檢測相關單位所舉辦農藥殘留盲樣測試能力比對，且均獲得優異評價。除例行檢測服務工作外，中心亦配合本校農業暨自然資源資院(以下簡稱農資院)農業藥劑學相關課程授課需求，提供學生農藥殘留檢測實務操作訓練，使熟習質譜檢測原理及其實際應用，另亦配合政府食安政策業務之推動，因應緊急事件發生相關檢測業務之需要，100年塑化劑事件發生期間，中心即經衛生福利部認證並全力投入相關檢測服務，目前主要業務配合農委會進行外銷水果及吉園圃例行檢測分析，檢測件數有逐年成長之趨勢，由始創初期96年261件至105年已超過五千件。

       本中心於100年即通過「全國認證基金會」ISO17025認證，並於102年完成增項檢測，於104年完成實驗室延展認證之評鑑。因近年來對食品安全之重視，衛生福利部食品藥物管理署分別於102及103年公告「食品中殘留農藥檢驗方法-殺菌劑二硫代胺基甲酸鹽類之檢驗（二）」及「食品中殘留農藥檢驗方法－多重殘留分析方（五）」，將殘留農藥例行檢測品項增加至311項。為配合政府政策之制定，本中心除持續維持「全國認證基金會」之認證資格，亦於104年底一併向「衛生福利部食品藥物管理署」提出311項農藥殘留檢測認證申請，至今本中心已同時具有「全國認證基金會」與「衛生福利部食品藥物管理署」之雙重認證，於檢測能力與品質管理均具有相當之專業。

       為落實植物醫學之推動，本中心亦配合農資院植物病理學系(以下簡稱植病系)及植物醫學暨安全農業碩士學位學程開設農藥藥理與處方應用及農藥檢測相關課程，輔導農民及相關業者，協助政府推廣安全專業用藥觀念，以合理化用藥並降低農業生產成本，改善作物質量，維繫農產品安全，為國民健康把關。